Az emberiség eredetileg tisztában volt az Immatérium létezésével, összhangban élt azzal, sőt bizonyos emberek – a Sámánok – érzékelték a benne zajló változásokat, és a maguk hasznukra fordították azt. Ők voltak a robbanásszerű fejlődés előtt álló emberiség szellemi vezetői – lelkük haláluk után képes volt az Immatériumon keresztülutazni és új emberi testben újjászületni.
Ahogy viszont az emberiség fejlődött, a vele kapcsolatban álló Immatérium is kezdte elveszíteni eredeti tulajdonságait és romlatlanságát, kezdett átformálódni, megváltozni, s új entitások jelentek meg benne. A Sámánok kezdték elveszíteni az Immatérium feletti uralmukat, így összegyűltek tanácskozni, mely összejövetel az emberiség legfontosabb találkozójává vált. Rájöttek, hogy ha nem tesznek valamit ellene, az emberi faj a saját maga teremtette lények prédájává válik majd, azoknak, akik az Immatériumban tanyáznak. Úgy döntöttek, hogy feláldozzák magukat, hogy lelkük összessége egyetlen, halhatatlan testben születhessen újjá.
Egy évvel a Sámánok tömegesen elkövetett öngyilkossága után megszületett egy gyermek – egy fiú, akiből később az Emberiség Császára vált.
Az első neve már régen a történelem homályába veszett, de egyes források szerint az időszámításunk előtti 8. évezredben látta meg a napvilágot, Kis-Ázsiában. A Császár idővel fokozatosan visszaemlékezett a több ezer előző életére, és tudatába került annak is, hogyan táplálják az emberi szélsőségek a Káoszt. Ráébredt, hogy egész halhatatlan létét annak kell szentelnie, hogy a Káosz erőinek gyarapodását visszaszorítsa, terjesztve a békét és a harmóniát.
Ezer, meg ezer éven át járta a Földet a Császár, s szemtanúja volt az emberiség fejlődésének. Felhasználva az őt alkotó sámáni lelkek mérhetetlen bölcsességét, más és más külsőt öltve ott segített az embereknek, ahol csak tudott, s terelgette népét a túlélés azon keskeny ösvényén, amit csak ő láthatott.
A Császár első felbukkanása a Birodalmi feljegyzésekben a 30. évezred tájékára tehető, mikor a Földet egyesítette a Viszály Kora után. Az emberiség addigra benépesítette ugyan a galaxist, de megosztott volt, s nemcsak egymással, de idegen fajokkal is öldöklő háborúban állt. A Terra meghódítása csak az első lépés volt a Császár nagyszabású tervében, hogy az egész emberiséget egy zászló alatt egyesítse. Harcában génsebészeti úton előállított harcosai, az ős-űrgárdisták segítették. Szövetséget kötött a marsi Adeptus Mechanicussal, s az általuk gyártott hajók és gépezetek segítségével már képes volt seregeit más naprendszerekbe eljuttatni. Az ekkor meghirdettet Nagy Hadjárat 200 éve alatt több millió emberlakta bolygót csatoltak a Birodalomhoz.
